Archivos entrantes
Se señala en qué carpeta serán guardadas las descargas ya completadas (directorio Incoming). Si se cambia la ruta que viene definida por defecto, deberá indicarse una ruta válida a la nueva carpeta. eMule no creará esa carpeta.

Archivos temporales
Directorio donde se guardan las descargas en progreso. A causa del sistema de múltiples descargas eMule crea archivos vacíos (*.part) con el tamaño que tendrán esos mismos archivos cuando estén completamente descargados. Para evitar esto has de tener marcada la opción Preferencias -> Opciones Adicionales -> Crear nuevos archivos part como 'dispersos' (sólo NTFS). Véase Preferencias -> Opciones Adicionales para más información.

Pulsando el botón Examinar puedes cambiar la ruta a la carpeta, eligiendo una que ya exista o creando una nueva carpeta de destino.

Puedes, además, utilizar Múltiples Directorios Temporales para tus descargas, útil si usas categorías y tienes asignadas sus carpetas de entrada (incoming) a unidades distintas. Así, los archivos temporales (.part, .part.met, .part.met.bak) se intentarán crear en la carpeta temporal que está en la misma unidad que la carpeta de entrada de la categoría. Si existen varias categorías con sus carpetas de entrada en una misma unidad, todos sus archivos temporales se crearán en la misma carpeta temporal y esta será la primera que hayas definido como directorio temporal para esa unidad. El resto de carpetas temporales que hayas definido para esa unidad no se utilizarán.

También es útil cuando falta espacio en la unidad donde se encuentra la carpeta temporal que está en la misma unidad que la carpeta de entrada. Entonces los archivos temporales serán creados en la carpeta temporal de otra unidad donde sí haya espacio.

Para crear Múltiples Directorios Temporales, has de escribir la ruta completa hasta la carpeta temporal, en la casilla de Archivos Temporales, separadas mediante el símbolo | (AltGr + 1 ó Alt + 124). Otra manera de crearlos es teniendo marcada la opción Preferencias -> Opciones Adicionales -> Mostrar más controles (controles básicos avanzados), con lo que aparecerá un botoncito con un signo + que, al pulsarlo, abrirá una ventana donde podrás elegir la nueva ruta o crear nuevas carpetas.

Para que los cambios realizados tengan efecto has de reiniciar eMule.

Directorios compartidos
Estas carpetas serán compartidas en la red y su listado podrá ser visto por otros usuarios que sean amigos según pueda habilitar el usuario la opción de los programas p2p eMule, eDonkey o mldonkey (dependiendo de la configuración de Preferencias - > Archivos). Si quieres compartir todas las subcarpetas pulsa CTRL mientras marcas la casilla de la carpeta padre. No funciona con unidades ni particiones completas.

o Carpetas UNC (Red)
UNC significa Uniform Naming Convention. Es el método común para acceder a los recursos compartidos (carpetas o discos duros completos) en una red sin tener que mapear estos recursos. Todas las carpetas siguen este formato:

\\servidor\recurso\...

Ejemplo:
\\test\DiscoD\eMule sería la ruta a la carpeta eMule en el disco compartido DiscoD que está alojado en el ordenador llamado test

Algunas recomendaciones al compartir archivos:
Cuando un cliente de eMule se conecta a un servidor transmite una lista de los archivos compartidos. El servidor guarda esta lista y la hace accesible a las búsquedas de archivos y búsquedas de fuentes. Este tráfico de archivos carga las tareas sobre la CPU del servidor, a más archivos mayor será la carga que tenga que soportar el servidor y por lo tanto será menor el numero de usuarios que pueda manejar.

Válido para la versión 0.46c en adelante